هي أحدث الوكالات إنشاءً في المعهد؛ إذ صدر قرار معالي مدير الجامعة بإنشائها في عام 1431هـ. وكان من أسباب إنشائها إقرار برنامج الماجستير في تعليم اللغة العربية لغير الناطقين بها في المعهد، وهو برنامج فريد من نوعه في المملكة والعالم العربي، حيث إن هذا التخصص من التخصصات التي يندر المتخصصون فيها في حقل اللغويات التطبيقية وتُعنى الوكالة في هذا الصدد بالإشراف على الدراسات العليا في المعهد، ومتابعة شؤون المبتعثين من المعيدين والمحاضرين في أقسام المعهد المختلفة. كما تتولى الإشراف على البحوث سعيا للرقيّ بمستوى الإنتاج العلمي والبحثي لمنسوبي المعهد. وتسعى الوكالة كذلك لعقد اتفاقات التعاون العلمي والبحثي والثقافي مع الجهات العالمية.